Ενα από τα χαρακτηριστικά του CLLD/ LEADER είναι ότι η εφαρμογή και διαχείριση του Τοπικού Προγράμματος πραγματοποιείται από την Επιτροπή Διαχείρισης Προγράμματος (ΕΔΠ). Η ΕΔΠ πρέπει να αποτελείται από εκπροσώπους δημόσιων και ιδιωτικών τοπικών κοινωνικοοικονομικών συμφερόντων, στην οποία ούτε ο δημόσιος τομέας ούτε καμία ενιαία ομάδα συμφερόντων δεν αντιπροσωπεύει ποσοστό άνω του 49% των δικαιωμάτων ψήφου. Το επίπεδο λήψης αποφάσεων μπορεί να συμπίπτει με το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) του Φορέα, εφόσον αυτό καλύπτει την αναγκαία σύνθεση. Σε αντίθετη περίπτωση, ως επίπεδο λήψης απόφασης ορίζεται ειδική επιτροπή με απόφαση των αρμόδιων οργάνων του φορέα η σύνθεσή της οποίας πρέπει να ικανοποιεί το ανωτέρω ποσοστό, ενώ παράλληλα η συμμετοχή φορέων που εκπροσωπούν συμφέροντα του Δημοσίου ανεξάρτητα από τη νομική τους μορφή να μην είναι μικρότερη του 30%. Κάθε φορέας μπορεί να συμμετέχει στην ΕΔΠ με δικαίωμα μιας ψήφου. Όλες οι αρμοδιότητες της ΕΔΠ στοχεύουν στην αποτελεσματική υλοποίηση των στρατηγικών τοπικής ανάπτυξης χωρίς διακρίσεις και αποκλεισμούς.
Το ΔΣ του ΑΚΟΜΜ-ΨΗΛΟΡΕΙΤΗΣ ΑΑΕ ΟΤΑ εκκχώρησε συγκεκριμένες αρμοδιότητες για αυτό το σκοπό στην ΕΔΠ η οποία θα εφαρμόσει και θα διαχειριστεί το Τοπικό Πρόγραμμα έπειτα από την διαιδκασία διαβούλευσης με την Τοπική Αυτοδιοίκηση και τους Τοπικούς Φορείς. Η ΕΔΠ είναι 19μελης και αποτελείται από τους παρακάτω φορείς :

Α/Α

Φορέας που εκπροσωπείται
1. Περιφέρεια Κρήτης
2. Δήμος Αγίου Βασιλείου
3. Δήμος Αμαρίου
4. Δήμος Ανωγείων
5. Δήμος Γόρτυνας
6. Δήμος Μαλεβιζίου
7. Δήμος Μυλοποτάμου
8. Δήμος Ρεθύμνου
9. Δήμος Φαιστού
10. Αγροτικός Οικοτεχνικός – Αγροτουριστικός Συνεταιρισμός Δήμου Ρούβα «ΙΔΑΙΑ ΓΗ»
11. Αγροτικός Συνεταιρισμός Ρεθύμνου
12. Αγροτικός Συνεταιρισμός Μυλοποτάμου
13. Επαγγελματικός Αλιευτικός Σύλλογος Αγίας Γαλήνης «Ο ΠΟΣΕΙΔΩΝ»
14. Επαγγελματικός Αλιευτικός  Σύλλογος Δήμου Ρεθύμνης
15. Επιμελητήριο Ρεθύμνου
16. Ένωση Ξενοδόχων Νοτών Περιοχών Ν.Ρεθύμνου
17. Επιμελητήριο Ρεθύμνου
18. Ινστιτούτο Σπηλαιολογικών Ερευνών Ελλάδος
19. Πολιτιστικός Σύλλογος Περάματος